বোরের পরমাণু মডেল আধুনিক পরমাণু তত্ত্বে এক ঐতিহাসিক অবদান রাখে। এটি প্রথমবারের মতো ইলেকট্রনের নির্দিষ্ট কক্ষপথে আবর্তনের ধারণা দেয় এবং হাইড্রোজেনের বর্ণালী ব্যাখ্যা করতে সক্ষম হয়। কিন্তু সময়ের সঙ্গে সঙ্গে বিজ্ঞানীরা এর নানা সীমাবদ্ধতা খুঁজে পান, যা প্রমাণ করে যে এ মডেল সব ধরনের পরমাণুর ক্ষেত্রে সমানভাবে কার্যকর নয়। নিচে বোরের পরমাণু মডেলের প্রধান সীমাবদ্ধতাগুলো স্পষ্টভাবে তুলে ধরা হলো—

• একাধিক ইলেকট্রন বিশিষ্ট পরমাণুতে প্রযোজ্য নয়:
বোরের মডেল শুধুমাত্র এক ইলেকট্রন বিশিষ্ট পরমাণু, যেমন হাইড্রোজেন, আয়নিত হিলিয়াম (He⁺) বা লিথিয়াম (Li²⁺)-এর ক্ষেত্রে সঠিক ফল দেয়। কিন্তু একাধিক ইলেকট্রন বিশিষ্ট পরমাণু যেমন হিলিয়াম, কার্বন, অক্সিজেন ইত্যাদির বর্ণালী বিশ্লেষণে এ মডেল ব্যর্থ হয়।

• হাইজেনবার্গের অনিশ্চয়তা নীতির বিরোধিতা:
হাইজেনবার্গের অনিশ্চয়তা নীতি অনুযায়ী, একই সময়ে ইলেকট্রনের স্থান ও গতি সঠিকভাবে নির্ণয় করা যায় না। কিন্তু বোর মডেল নির্দিষ্ট কক্ষপথে ইলেকট্রনের অবস্থান ধরে নেয়, যা এই মৌলিক নীতির পরিপন্থী।

• তরঙ্গ ধর্ম উপেক্ষা:
বোর ইলেকট্রনকে কণারূপে বিবেচনা করেছেন, কিন্তু ইলেকট্রনের তরঙ্গ ধর্ম ব্যাখ্যা করতে ব্যর্থ হন। পরবর্তীতে ডি ব্রগলি ইলেকট্রনের তরঙ্গ ধর্মের ধারণা দেন, যা কোয়ান্টাম মেকানিক্সে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা রাখে।

• সূক্ষ্ম বর্ণালী ব্যাখ্যার অক্ষমতা:
বোরের মতে, এক শক্তিস্তর থেকে অন্য শক্তিস্তরে ইলেকট্রন স্থানান্তরিত হলে একটি বর্ণরেখা তৈরি হবে। কিন্তু বাস্তবে দেখা যায়, প্রতিটি রেখা বহু সূক্ষ্ম রেখায় বিভক্ত — যাকে “ফাইন স্ট্রাকচার” বলা হয়। বোর মডেল এ বিভাজন ব্যাখ্যা করতে পারে না।

• ত্রিমাত্রিক গঠন সম্পর্কিত তথ্যের অভাব:
বোরের পরমাণু মডেল দ্বিমাত্রিক ধারণার উপর ভিত্তি করে তৈরি, তাই এটি পরমাণুর প্রকৃত ত্রিমাত্রিক গঠন বা অরবিটাল কাঠামো সম্পর্কে কোন ধারণা দেয় না।

• কোয়ান্টাম মেকানিক্সের সঙ্গে অসামঞ্জস্যতা:
বোর মডেল ক্লাসিক্যাল ও কোয়ান্টাম ধারণার মিশ্র রূপ। ফলে আধুনিক কোয়ান্টাম মেকানিক্যাল মডেলের সঙ্গে এর অনেক অসঙ্গতি রয়েছে, বিশেষ করে শক্তিস্তর নির্ধারণ ও ইলেকট্রনের আচরণ বিশ্লেষণে।

যদিও বোরের পরমাণু মডেলে এসব সীমাবদ্ধতা রয়েছে, তবুও এটি বিজ্ঞানের ইতিহাসে এক গুরুত্বপূর্ণ ধাপ হিসেবে বিবেচিত। কারণ এটি পরমাণুর স্থায়িত্ব ব্যাখ্যা করেছে এবং পরবর্তীতে উদ্ভূত কোয়ান্টাম মডেলগুলোর ভিত্তি স্থাপন করেছে।