স্বাধীনতা অর্জনের পরপরই ১৯৭১ সালের ডিসেম্বর মাসের শেষ দিকে বাংলাদেশ সচিবালয়ে প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ের কার্যক্রম শুরু হয়। দেশের প্রথম প্রতিরক্ষামন্ত্রী ছিলেন তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী ও জাতির জনক বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান।

• ১৯৭২ সালে, মন্ত্রণালয়টি হাইকোর্ট ভবনে স্থানান্তরিত হয়।

• সে সময় ১৪টি সংস্থা ও দপ্তরকে মন্ত্রণালয়ের আওতায় আনা হয়।

• পরবর্তীতে, মুক্তিযুদ্ধ বিষয়ক মন্ত্রণালয় গঠিত হওয়ার পর দুটি শাখা নবগঠিত সেই মন্ত্রণালয়ে স্থানান্তরিত হয়।

• বর্তমানে প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ের মোট শাখার সংখ্যা ১৯টি।